Voorafgaand aan de oorlog tussen de gehele mensheid en het ras der Zentraedi, vochten de Aardbewoners onderlinge oorlogen uit. Een jaar voor de Zentraedi de Aarde benaderden, waren het de UN Spacy en de Anti-UN Factions die het uitvochten. Temidden van dit gevecht neemt Macross Zero plaats; hoofdpersoon Shin Kudo is een jonge jetpiloot die neergeschoten wordt door de Anti-UN's nieuwste jetmodel. Hij vindt zich daarna op het Mayan-eiland; een eiland waar de tijd stilgestaan heeft en men er zo hun eigen tradities en legenden op na houdt en technologie bijna niet bestaat. Terwijl Shin op het verblijft om bij te komen van zijn verwondingen, verplaatst de strijd tussen de UN Spacy en de Anti-UN Factions zich naar het ongerepte eiland.