In een verre toekomst ligt de mensheid onder vuur door een onbekend buitenaards ras, die onze Aardse planeet bestookt met meteorietenbommen; nietsontzienende aanvallen die de Aarde vervuilen met radioactief afval. Het zal niet lang meer duren eer alle leven op de planeet gedoemd is uit te sterven, maar door haar technologische inferioriteit kan de mensheid niet op een aanvallende positie overschakelen. Dan blijkt er echter toch nog een lichtpuntje aan de donkere hemel te zijn; koningin Starsha van planeet Iscandar biedt redding. Zij neemt contact op met de bevelhebbers op Aarde en brengt nieuws van een middel om de radioactieve straling te doen verdwijnen en plannen voor een ruimteschip waarmee men haar ver weg gelegen planeet bereiken kan; het ruimteschip Yamato.