Kunisaki Yukito reist het land af, op zoek naar de waarheid binnen een verhaal dat zijn moeder hem in zijn jeugd vertelde over een meisje in de lucht. Ieder ander zou het wellicht als een sprookje afdoen, maar Yukito is dankzij zijn bijzondere gave wel wat gewend. Tijdens zijn rondzwervingen verdient hij namelijk zijn levensonderhoud door op te treden met een pop, die hij puur met zijn gedachten kan laten bewegen.
Op een dag komt hij in een rustig dorpje aan waar hij Kamio Misuzu ontmoet, een jong meisje dat al snel vrienden met hem wil worden. Ze nodigt Yukito uit om bij hen thuis te blijven logeren zolang hij in het dorp blijft en zo ontstaat een bijzondere vriendschap. Misuzu blijkt namelijk niet zomaar een normaal meisje te zijn.