Naruto, Sakura en Shikamaru zijn op pad om een ogenschijnlijk normale en simpele missie uit te voeren. Temidden van hun missie echter, worden zij plotseling aangevallen door een aantal mysterieuze soldaten aangevoerd door een jonge krijger. De drie raken van elkaar verwijderd en gaan op eigen kracht verder. Naruto probeert er achter te komen wat Temujin probeerde te bereiken door hem aan te vallen, terwijl Shikamaru een enorm mobiel fort binnendringt. Samen stuiten de drie jonge ninja's op een avontuur dat zijn wortels vindt in de legenden rondom een oude clan.