Black Jack is een bijzondere dokter. Hij is mogelijk de beste chirurg ter wereld, maar opereert zonder medische licentie en vraagt vaak astronomisch hoge bedragen voor zijn werk. Wanneer hij op een dag een onverwacht telefoontje van zijn vader krijgt, die hem en zijn moeder vele jaren geleden in de steek liet, weet zelfs hij echter even niet wat hij doen moet. Hij besluit zijn vader te helpen, maar hem tevens te laten boeten voor wat hij de dokter aangedaan heeft. Vanaf dat moment geraakt Black Jack van de ene wanhopige situatie in de andere, wanneer blijkt dat een mysterieuze organisatie achter hem aan zit. Hij besluit actie te ondernemen en snel trekt hij de hele wereld over om antwoorden te vinden op de vele vragen die hem plagen.