De Kouga en Iga ninja clans zijn al honderden jaren verwikkeld in een felle rivaliteit die al aan velen van hen het leven heeft gekost. Een generatie terug werd deze vete bezegeld met een door Hattori Hanzo uitgevaardigd vredespact, maar de teruggetrokken shogun Ieyasu Tokugawa heeft besloten dit op te heffen om de clans hun strijd te doen beslechten en hem zo te helpen bij het kiezen van een opvolger uit zijn twee zoons. Ieder van de clans selecteert een tiental van hun meest capabele ninja en moet de strijders van de andere groep uitmoorden om als overwinnaar uit het conflict te komen. Tijdens de korte periode van vrede begonnen de toekomstige leiders van de clans echter toenadering tot elkander te zoeken. De gevoelens van deze Gennosuke Kouga en Oboro Iga weten hun vrienden echter niet te overtuigen en snel vinden ook zij zich midden in een extreem bloederige oorlog om eindelijk een punt achter de vete te zetten.