12 jaar geleden voordat de anime begon werd "the hidden village" (de plek waar naruto woont) belaagt door ene grote demon. Deze nine tailed fox had al bijna alle ninja's die daar waren verslagen. Maar de vierde Hokage was er nog en versloog het monster en sealde hem in een klein jongetje 'Uzimaki Naruto"

Naruto groeide op zonder ouders omdat zijn ouders waren vermoord door de demon. En hij wist dus niet wat liefde betekende. Het hele dorp weet ook dat de demon in hem zit en proberen hem te ontwijken. Maar Naruto wilt persee de aandacht krijgen en daarom haalt hij diverse streken uit. Zijn toekomstige droom is ook om Hokage te worden.

Als hij eenmaal oud genoeg is wordt hij op zijn school in groepjes gesplitst van drie. Waarbij belandt met Sakura waar hij op verliefd wordt en met Sasuke die hij absoluut niet mag. Samen met hun leraar "kakashi" moeten ze allemaal missies doen om sterker te worden. Maar dat gaat niet allemaal even makkelijk