Een generatie geleden poogde een kwaadaardige demoon genaamd Mouryou de ons bekende wereld aan te vallen en te verenigen in een Duizendjarig Koninkrijk. Met veel moeite en de persoonlijke opoffering van een krachtige priesters werden zijn ziel en lichaam in verschillende landen verzegeld en leek het kwaad afgewend te zijn. Heden ten dage echter, is er een groep illustere ninja die de demoon wensen te bevrijden. Nadat Yomi, de leider van dit vijftal, zijn lichaam aan Mouryou schenkt, begint hij met zijn enorme leger aan mechanische handlangers een opmars naar de tempel waar zijn lichaam verzegeld is. Ook nu is er slechts een enkele priesteres die het einde van de wereld kan afwenden en het is aan Naruto, Neji, Sakura en Rock Lee om haar tijdens haar tocht te beschermen.