Een jaar na de brute intergalactische aanvallen van de Gamilas hebben de Aarde en haar inwoners hun welverdiende vrede eindelijk bereikt. De mensheid is welvarend als nooit te voren en lijkt gemakzuchtig te groeien, terwijl de zware strijd die nog bij iedereen vers in het geheugen zou moeten liggen langzaamaan een onderdeel van de geschiedenisboeken begint te worden. Susumu Kodai fungeert tegenwoordig als vervangend kapitein van de Yamato terwijl het schip langs de verre randen van ons zonnestelsel patrouilleert. Op een routinemissie maakt zij contact met een nieuw buitenaards ras met kwaadaardige bedoelingen: een keizerrijk dat op brute wijze hele bevolkingen onderwerpt en in hun ogen nutteloze planeten met weinig moeite vernietigd. Hun leider Zordar heeft zijn zinnen op de Aarde gezet en wordt daarin gesteund door Desslar, de voormalige leider van de Gamilas, welke uit is op zijn wraak. Onder leiding van Kodai trekt de Yamato er met haar oude bemanning weer op uit om de mensheid te beschermen.