Jaren geleden tijdens de Tweede Grote Ninjaoorlog, was er een groep ninja die hun chakra gebruikten om te kunnen vliegen. Zij noemden zich het Land van de Lucht en daagden de vijf grote ninjalanden uit, hetgeen hen kostbaar kwam te staan. Ze werden volledig uitgeroeid door Konoha, maar hun nakomelingen zijn nog steeds op wraak uit en laten zien hoe dodelijk een luchtaanval kan zijn op het ninjadorp van Naruto en zijn vrienden. Temidden van deze chaos wordt de luidruchtige ninja er met Sakura en Hinata op uitgestuurd om een zeer capabele dokter en zijn leerlinge terug naar haar dorp te begeleiden; een verrassend gevaarlijke missie waarop Naruto eindelijk een kans krijgt oude banden met een bijzondere vriend aan te halen.