De drie grote ninja wereldoorlogen liggen inmiddels in een ver verleden, maar het blijkt hoe precair de verhoudingen tussen de vijf grote landen zijn wanneer een mysterieus persoon zich tot hen richt. Deze Hiruko noemt zich verantwoordelijk voor het verdwijnen van vier ninja met bloedlijn limieten en beweert een voormalig inwoner van het Hidden Leaf te zijn; toevallig net het enige dorp waaruit nog geen strijder ontvoerd is. Het oog met de Sharingan van Kakashi blijkt zijn laatste doelwit te zijn en terwijl verschillende landen zich mobiliseren om het Vuurland binnen te vallen, besluit Kakashi zichzelf op te offeren om zijn thuisdorp te redden. Naruto en de rest van zijn team zijn het hier totaal niet mee eens en besluiten tegen de orders van de Vijfde Hokage in te gaan en hun zo belangrijke mentor terug te brengen.