Aan de grenzen van ons sterrenstelsel woedt een grootse, intergalactische oorlog tussen twee geavanceerde beschavingen. Het Galman keizerrijk strijdt er bezield tegen de Bolar Federatie: een confrontatie waarbij ook de Aarde niet gespaard wordt. Een van zijn koers geraakte proton raket, bedoeld om gehele planeten te vernietigen, vliegt onze zon in en versnelt diens interne proces van nucleaire fusie. Als gevolg zal de ster over drie jaar tot een supernova verworden en zal de Aarde over slechts een jaar niet langer bewoonbaar zijn voor de mensheid. Hoewel deze bevinding aanvankelijk sceptisch ontvangen wordt, besluit men op zoek te gaan naar een nieuwe leefwereld. Eindelijk onder leiding van nu volwaardig kapitein Susumu Kodai trekt de Yamato er op uit om een geschikte planeet te vinden en tevens de Aarde te behoeden voor vijandelijke troepen die langzaamaan ook hun zinnen zetten op onze thuisplaneet.