Wanneer een spelend jongentje en zijn moeder op een verlaten strand te dicht bij een verloren vliegtuigbom komen, raken zij betrokken bij een verschrikkelijk ongeluk. Alleen de medische wetenschap kan het kind nog redden en op pure doorzettingskracht slaagt dokter Honma Joutarou erin het kind op te lappen. Een zwaar revalidatieproces volgt en geïnspireerd door de dokter die hem redde besluit het kind er bovenop te komen en zijn leven volledig te wijden aan het redden van patiënten wiens situatie uitzichtloos lijkt te zijn. Tegenwoordig kent de wereld hem als Black Jack: een wat schimmige dokter met een zwarte cape, wiens gezicht een lappenwerk is en welke absurd hoge prijzen vraagt voor zijn ongelicenseerde operaties. Hoewel hij iedereen wil opereren, van criminelen tot onschuldige kinderen, hanteert de dokter een strikte persoonlijke code en is hij de allerbeste in zijn vakgebied. Als wonderdokter in de schaduwen reist hij de wereld rond als een ware kunstenaar van het leven.